Kocioł ma wiele zabezpieczeń przed przegrzaniem. Pierwszy stopień ochrony jest realizowany przez elektronikę, która nie pozwoli na wzrost temperatury wody powyżej 85° C, a drugim stopniem ochrony jest termostat bezpieczeństwa (wolny od zasilania prądowego – STB), który przerywa dozowanie pelletu, gdy kocioł osiągnie temperaturę krytyczną. Termostat nie pozwala na przegrzanie kotła, zgłasza usterkę i wygasza kocioł. Elektronika nie pozwala, aby ciśnienie w układzie było wyższe niż 2,5 bara lub niższe niż 0,6 bara. W obu przypadkach zgłasza usterkę i wygasza kocioł. Jeśli z jakiegoś powodu elektronika ulegnie awarii, kocioł jest wyposażony w zawór bezpieczeństwa, który przy ciśnieniu powyżej 3 barów wypuści wodę z kotła w celu redukcji zbyt wysokiego ciśnienia.
Kotły Kepo wyposażone są również w presostat, którego zadaniem jest przerywanie dozowania pelletu i zapobieganie wszelkiej możliwości wydostania się dymu do pomieszczenia, zgłasza on usterkę i wyłącza kocioł w przypadku zatkania przewodów spalinowych oraz słabego przepływu spalin przez komin. Urządzenie jest wyposażone w mechaniczną klapę, której zadaniem jest obniżanie ciśnienia w komorze spalania w przypadku zbyt dynamicznego zapłonu, a tym samym zapobiega problemom w dalszej pracy kotła.